La costituzione del Museo Diffuso della Resistenza, della Deportazione, della Guerra, dei Diritti e della Libertà nasce dalla confluenza di due distinti progetti intorno ai quali la Città è stata impegnata negli scorsi anni, in attuazione di due differenti mozioni del Consiglio Comunale approvate, rispettivamente, nel novembre 1997 e nel gennaio 1998.
Il primo progetto riguardava la realizzazione a Torino di un museo dedicato ai temi della Seconda Guerra Mondiale e delle sue conseguenze; il secondo era finalizzato a individuare gli strumenti più utili di cui dotarsi per documentare permanentemente i crimini contro l'umanità.
In entrambi i casi, la fase di elaborazione progettuale è stata coordinata dalla Città di Torino con l'attiva partecipazione del Comitato di Coordinamento fra le Associazioni della Resistenza del Piemonte, dell'Istituto Piemontese per la Storia della Resistenza e della Società Contemporanea (ISTORETO), dell'Archivio Nazionale Cinematografico della Resistenza (ANCR), dell'Università di Torino - Dipartimento di Storia e in stretta e costante collaborazione con la Provincia di Torino.
Per quanto riguarda il primo progetto, si è scelto di lavorare nella direzione di un "museo diffuso", che facesse dei luoghi di memoria del territorio cittadino e provinciale altrettanti elementi di un percorso museale. Il progetto di "museo diffuso" ha iniziato a prendere vita e a condurre una prima verifica delle proprie ipotesi di lavoro attraverso le iniziative organizzate a partire dal 1999 in occasione della ricorrenza del 25 aprile ("Festa della Liberazione") e, dal 2001, del Giorno della Memoria (27 gennaio).
Con una deliberazione del 1995, la Città di Torino aveva stabilito di destinare il palazzo comunale di via del Carmine 13 a nuova sede dell'Istituto Piemontese per la Storia della Resistenza e della Società Contemporanea (ISTORETO) e dell'Archivio Nazionale Cinematografico della Resistenza (ANCR). L'intervento di restauro del fabbricato juvarriano di via del Carmine ha consentito di dare vita a una importante opportunità: localizzare nello stesso edificio un centro espositivo e due istituti di ricerca e conservazione, integrando e arricchendo reciprocamente due ambiti di attività autonomi ma complementari, quello divulgativo del Museo Diffuso e quello di studio e approfondimento dei due Istituti, ai quali si è aggiunto dal settembre 2009 il Centro Internazionale di Studi Primo Levi.
L'avanzare della riflessione sui due progetti - inizialmente distinti - aveva nel frattempo evidenziato l'esigenza di legare la ricerca storica ad una riflessione sulla contemporaneità e di estendere il campo di attenzione del Museo alla documentazione e alla riflessione intorno a tutte le esperienze dittatoriali e totalitarie che hanno così fortemente segnato la storia del Novecento.
È parso dunque naturale che il palazzo di via del Carmine fosse dedicato anche ai grandi temi dei diritti e delle libertà: per affermare con forza quei valori che costituiscono l'eredità positiva che la stagione tragica del secondo conflitto mondiale e dei totalitarismi ci ha consegnato.
L'apertura al presente e a temi di portata più generale consentiva così di rispondere alle esigenze evidenziate dal secondo progetto ricordato sopra, relativo alla costituzione di un centro di documentazione sui crimini contro l'umanità.
Gli spazi del Museo Diffuso nel palazzo di via del Carmine sono stati inaugurati e aperti al pubblico il 30 maggio 2003.
Il problema della forma di gestione del nuovo Museo, affrontato e discusso collegialmente, ha portato alla decisione di dare vita a un'associazione senza fini di lucro, che prevede quali soci fondatori la Città di Torino, la Provincia di Torino, l'Ancr e l'Istoreto. Questa forma di gestione consente infatti di garantire, da un lato al nuovo ente la piena autonomia scientifica, culturale e gestionale; dall'altro, ad altri soggetti - pubblici e privati - la possibilità di aderire all'associazione. Tale scelta è stata sancita, da parte della Città di Torino, attraverso l'adozione di una deliberazione del Consiglio Comunale che, il 7 marzo 2005, ha approvato lo Statuto dell'Associazione e la partecipazione della Città in qualità di Socio Fondatore.